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染色质免疫共沉淀测序

染色质免疫共沉淀测序

技术简介
染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效的在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-seq是精确、敏感、大量且成本低廉的方法,实现了目标蛋白在全基因组范围内的全部结合位点的定位。



技术路线

生物信息分析

案例解析

Illumina和Helicos测序平台产生的ChIP-seq数据比较分析,展示了使用CTCF, H3K4me3,H3K27me3 和H3K36me3四种特异性抗原富集小鼠胚胎干细胞19号染色体300Kb区域DNA的结果。



测序策略及数据量

测序策略:SE50
建议数据量:20M clean reads