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三重好礼庆开学,转录组测序促销啦,为非编码RNA疯狂打call!

【2018-02-06】

       2018年的第1个月份过完了。咱们科研汪最期待的春节也要来了!大阅哥想了想,非编码这个研究热点咱都一块琢(mo)ceng好几期了,不给大家(往下拉到最后)实在不厚道。虽然光做测序就能发文章的好日子已经过去了,但非编码RNA研究势头未减,单是1月份已见刊的lncRNA相关研究就高达300+篇,发表在高影响力因子期刊,如Cell,Nucleic Acids Research,Nature communications等上的比比皆是。可见以lncRNA为代表的非编码RNA研究在18年将更炽热明艳。


      

       在研究思路上,非编码RNA研究的明星模式仍是ceRNARNA间相互调控,及经典模式:寻找差异表达的非编码RNA等。而一些新颖的研究思路也打开了另一片视野,如lncRNAmRNA的竞争表达、circRNA的编码能力、lncRNA作为miRNA的前体分子、以及lncRNA介导mRNADNA甲基化等等。研究思路千千万,手中方法恒不变!从文章所用方法来看,绝大多数研究都离不开高通量研究手段,而高通量测序平台依然是非编码RNA研究的发文利器。




研究FBXW7 circRNA的编码能力

Yang, Yibing, et al. "Novel role of FBXW7 circular RNA in repressing glioma tumorigenesis." JNCI: Journal of the National Cancer Institute  (2018).

   


鉴定新lncRNA并研究其与蛋白质和mRNA的相互作用

Poulomi, Harshini, et al. “Long Noncoding RNA RP11-380D23.2 Drives Distal-Proximal Patterning of the Lung by Regulating PITX2 Expression. Stem Cells . (2018).



研究lncRNA的分子海绵(CeRNA)功能

Shen, Liping, et al. "LncRNA lnc-RI regulates homologous recombination repair of DNA double-strand breaks by stabilizing RAD51 mRNA as a competitive endogenous RNA." Nucleic acids research  (2018).


       阅微基因基于完备成熟的二代测序平台和经验丰富的技术团队,在转录组测序和全转录组联合测序上积累了丰富的经验。lncRNA测序上,我们能做到lncRNA有效数据占比达90%,从而保证测序数据覆盖广,测序数据得率 ,和全面完整的生物信息学分析。circRNA测序上,阅微基因由强大的中科院生物信息分析团队支撑,基于CIRI平台分析方法,在环状RNA后期数据分析的过程中体现优势,以更高的准确率和灵敏度发现样品中低丰度稀有的环状RNA。在数据验证上,阅微基因熟练操作各种微量样本及环状RNA引物设计。从有效数据量、准确基因注释、调控预测,到验证服务,我们仔细推敲每一个质量环节。



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