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Nature:中外科学家测序最古老人类基因组

【2014-10-27】

Nature:中外科学家测序最古老人类基因组

一个来自西伯利亚、长达4.5万年历史的腿骨生成了记录中最为古老的基因组序列,揭示出了曾一度横跨亚洲北部的一个神秘种群。来自于该名男性狩猎者的DNA序列还提供了有关现代人类从非洲旅行至欧洲、亚洲及其以外的地区,并与尼安德特人(Neanderthal)发生性接触的一些诱人的线索。

这项重要的研究是由来自中国、德国、美国、俄罗斯和英国的20多个机构的研究人员共同完成。中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室的付巧梅(Qiaomei Fu,音译)、哈佛-麻省理工学院 Broad研究所的David Reich、马克斯普朗克进化人类学研究所的Janet Kelso以及T. Bence Viola是这篇论文的共同通讯作者。

2008年,俄罗斯的一名艺术家Nikolai Peristov在沿着西伯利亚寻找象牙时发现了一副从河岸凸出来的骨骼。他把它挖出来,向一名警方的法医科学家展示了它,法医确定它有可能是人类。

这个骨骼被证实是人类的左股骨,最终德国马克斯普朗克进化人类学研究所的研究人员用放射性碳素测定了它的年代。Viola说:“它完全变成了化石,我们希望它是古老的。确实我们中了头奖。它比确定年代的所有其他现代人类还要古老。”好运持续存在,Viola的同事们发现骨骼中包含有保存完好的DNA,他们以与测序现代人类基因组相同的精度测序了这一基因组。

研究人员以Peristov发现遗骨的地区将发现物命名为“Ust’-Ishim”。并确定了他有43,000-47,000年历史,是已知最古老的完整现代人类基因组年龄的近两倍。尽管更为古老,远古人类的基因却存留了下来。

DNA或许是将这一遗骨与其他人类联系起来的唯一机会。“这个家伙不知是从哪里冒出来的——我们无法将它与任何的考古学位点联系起来,这表明他的种族到处游荡,”Viola说。

这一Ust’-Ishim人有可能起源于一个已灭绝的种群,其与大约5万多年前离开非洲去到世界其他地方,但后来灭绝的人类关系密切。

关于他的起源最吸引人的一条线索是,他有2%的基因组来自于尼安德特人。这大致与当今所有非非洲人(non-Africans)基因组中隐藏的尼安德特人序列呈相同水平。根据过去的研究,欧洲人和亚洲人的祖先在离开非洲后曾在中东遇到了尼安德特人,他们之间有过古老的约会。这名Ust’-Ishim男性有可能是从同样的交配中得到了尼安德特人的DNA。

直到现在,这一异血缘交配的时间尚不是很确定——可追溯3.7万-8.6万年前。但基于Ust’-Ishim男性基因组中古老的尼安德特人DNA片段,精确地指出了时间是在5万-6万年前。父母的染色体在每一代一起重新洗牌,因此随着时间的推移来自个体的DNA片段变得越来越短。

伦敦自然历史博物馆古人类学家Chris Stringer说,尼安德特人和人类更为精确的交配时期给科学家们带来了一个挑战。科学家们一直认为,现代人是在10万年前离开非洲,在7.5万多年前到达亚洲。研究人员指出,来自黎凡特(Levant)的类智人骨骼有10万年以上,以及在印度发现的有7万年历史的石头工具都提供了证据,表明早期人类是沿着南海岸线来到亚洲,最终到达大洋洲和澳大利亚。

但Petraglia对于Ust’-Ishim的基因组却有不同的见解。“我认为这是大约4.5万年前发生的人口激增的一部分,这意味着现代人类在4.5万年前去到了世界的尽头,他们的数量有可能淹没了在更早期的迁徙中到达的人类种群。”

Petraglia希望,古老的DNA和其他的化石将会描绘出亚洲种族更为复杂的图像。Stringer说:“这只是在西伯利亚河积层的一个偶然的研究发现。当他们开始系统地寻找时那里有可能还存在着别的什么。”

原文检索:

Qiaomei Fu, Heng Li, Priya Moorjani, Flora Jay, Sergey M. Slepchenko, Aleksei A. Bondarev, Philip L. F. Johnson, Ayinuer Aximu-Petri, Kay Prüfer, Cesare de Filippo, Matthias Meyer, Nicolas Zwyns, Domingo C. Salazar-García, Yaroslav V. Kuzmin, Susan G. Keates, Pavel A. Kosintsev, Dmitry I. Razhev, Michael P. Richards, Nikolai V. Peristov, Michael Lachmann, Katerina Douka, Thomas F. G. Higham, Montgomery Slatkin, Jean-Jacques Hublin, David Reich, Janet Kelso, T. Bence Viola& Svante Pääbo. Genome sequence of a 45, 000-year-old modern human from western Siberia. Nature, 22 October 2014; doi:10.1038/nature13810

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