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STR/SSR/微卫星分析
发布时间:2010-1-5 16:08:48
   微卫星标记(Microsatellite)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增,扩增产物通过电泳分析并根据大小分离等位基因进行检测。PCR扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,传统采用聚丙烯酰胺电泳加放射显影或银染的方法,费时费力效率低。我们利用ABI遗传分析仪对荧光标记DNA片段进行检测,加上分子量内标进行DNA片段长度计算,使STR分型变得高效快捷,结果也更加精确。
 
    基于测序仪平台,我公司同时提供GeneScan、全基因组扫描、微卫星不稳定性分析、DNA建库和骨髓移植嵌合率检测等服务和其他STR基因分型服务。
 
服务项目:
1. 引物筛选
选取部分代表性样本,利用普通引物扩增这些样本,然后利用高分辨率的芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息。
2. 样本批量扩增
用带有荧光标记(FAM/HEX/TMR等)的引物,对批量样本进行PCR扩增。
3. 测序仪检测
带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标、去离子甲酰胺混合,用3730等测序仪进行毛细管电泳,并得到原始数据(fsa文件)。
4. 数据分析
编制panel和bin等文件,使用正版GeneMapper软件分析测序仪得到的fsa文件,并生成PDF图谱和Excel文档(包含size、基因分型等信息)。
5. 数据挖掘
利用生物信息学软件(POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等)对上述数据进行进一步分析,绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。
服务流程:
引物合成(普通引物和荧光引物)
样品DNA提取
DNA定量
PCR预实验
批量PCR扩增
毛细管电泳预检测(ABI3730xlGeneticAnalyzer)
稀释后批量进行毛细管电泳检测
GeneMapperV3.2软件分析得到原始数据(fsa文件)
生成PDF图谱和Excel文档并进一步处理
检测平台:
岛津MultiNA芯片电泳仪、ABI377测序仪、ABI3130测序仪、ABI3730测序仪。
客户提供:
细胞、DNA、动植物各种组织材料、人类各种组织材料,引物信息,片段长度范围。
公司提供:
引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。

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